Bijwerkingen van Baclofen kunnen onder andere slaperigheid, vermoeidheid, duizeligheid, en spierzwakte zijn. Andere mogelijke bijwerkingen zijn misselijkheid, hoofdpijn, en een verlaagde bloeddruk. In sommige gevallen kunnen er ernstigere bijwerkingen optreden, zoals ademhalingsproblemen, hallucinaties of verwardheid, vooral bij hogere doseringen. Het is ook mogelijk dat Baclofen invloed heeft op het maagdarmstelsel, zoals constipatie. Langdurig gebruik kan leiden tot afhankelijkheid, dus het medicijn moet altijd onder toezicht van een arts worden gebruikt.